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探索微生物中抗生素耐药性的景观

探索令人兴奋的微生物世界,以及这种知识如何彻底改变我们对抗生素抗性的理解。

402参加此课程

微生物社区:团队中的人类看着地球,全部由细菌制成

找出为什么以及如何对抗生素耐药性进行大规模研究

在反对抗生素耐药性的斗争中,微生物群落及其携带的抗药性越来越重要。该领域正在迅速发展,但是生成的大数据是在健康科学和Biodormatics之间造成差距。

在奥斯陆大学的三周课程中,您将开始缩小这一差距。在专家团队的帮助下,您将探讨为什么以及如何研究抗击者,包括动手抵抗分析。

发现抗生素耐药性已成为最紧急的健康威胁之一

滥用和过度使用抗生素已经加速了抗生素耐药性的发育和传播,使抗生素无效。

首先,您将研究研究如何有助于当前对耐药性的理解。通过这项检查,您将发现抗生素使用,缺乏目标特异性,发现新抗生素的空白与当前的耐药性危机之间的关系。

检查抗生素耐药性基因的研究如何帮助我们理解抗菌素耐药性

微生物通过使用其基因的指示发展抗生素耐药性,并且在微生物群落中通常会有一种种类。

本课程将指导您研究抗性,探索不同的耐药机制,如何在细菌之间交换耐药性基因,研究方式,如何处理样品以及如何分析数据。

使用colustoxplorer踏上对抵抗数据的真实探索的旅程

通过动手练习和分析,您将被介绍给抵抗分析的真实体验。您将使用奥斯陆大学开发的基于Web的资源OrsteroxPlorer,不需要高级生物信息学技能。

下载视频:标准或者高清

跳到0分2秒肉眼看不见,微生物无处不在。它们携带的抗菌抗性基因也是如此。由于过度使用而导致的丰度和类型增加了。抗生素耐药性现在是我们最大的健康威胁之一。减慢问题的作用以减少抗生素使用,正在全球实施。一个重要的数据来源是微生物群落及其携带的抗性基因。抵抗组。他们帮助我们回答诸如如何获得耐药性以及如何传播等问题。由于新的序列技术和分析工具,该领域正在迅速发展。它彻底改变了我们理解抗菌素抗性的方式。 But there is a challenge.

跳到1分3秒从这些社区产生的大数据是在健康科学学科和生物信息学之间造成越来越多的差距。这威胁了研究需要解决当前危机的速度。本课程旨在帮助缩小这一差距。[ - 我们经常发现自己想知道 - 我们将经验丰富的临床医生聚集在一起。[ - 但首先,我必须杀死一个神话。]公共卫生专家。[ - 男孩,这是一个要分享的故事。]分子微生物学家和生物信息,以与您一起探索为什么我们想要以及如何研究微生物群落中的抗击者。您将体验一个令人兴奋而神秘的课程,包括对真正的抵抗数据的动手探索。加入我们,参加这一有趣的旅程。

教学大纲

  • 第1周

    抗生素抗性:全球危机

    • 欢迎

      是开始的:与您的教育者和您的学习者见面!还了解在这个激动人心的一周中等待着您的东西。

    • 人类抗生素抗性的景观

      微生物无处不在,它们携带的抗生素耐药性基因也是如此。在本节中,您将了解抗药性研究如何有助于我们对抗生素抗性的理解。

    • 抗生素耐药性是全球危机

      抗菌素对于与人类,动物和植物的感染作斗争至关重要,但它们正在停止工作。在本节中,您将了解这代表人类的全球危机。

    • 抗生素的附带作用

      抗生素缺乏针对靶向感染微生物的特异性。在本节中,您将了解抗生素对人类微生物组的脱靶影响,尤其关注抗性。

    • 第1周的摘要

      我们已经到达了第1周的末期。是时候回想起亮点并反思到目前为止所学到的知识。

  • 第2周

    抗性研究

    • 抗生素抗性机制和勘探工具

      抗药性多样,并且容易受到许多变化的影响。在本节中,您将了解细菌可以获取抗性基因的机制,并将引入探索人类抗性的工具。

    • 设计研究

      不要急于收集样品!设计研究是研究项目的最关键方面之一,在本节中,您将学习有关样本量,适当控制和可能的偏见的重要课程。

    • 处理样品

      研究设计完成后,是时候收集样品,提取DNA,文库制备和DNA测序了。在本节中,您将通过令人兴奋的阅读和讨论来探索每个步骤。

    • 上游数据处理

      数据从测序回来后会发生什么?在本节中,您将了解预处理数据所需的内容。您还将听到经验丰富的生物信息学家乔治·陈(George Chen)的激动人心的演讲。

    • 数据库和视觉探索

      所述样品中的args如何存在?他们以前有描述吗?准备在本节中进行激动人心的活动!您还将听到Jonathon Baker博士在微生物组研究中谈论组成数据。

    • 第2周的摘要

      本周,您了解了有关抗菌耐药性的出现和传播的重要概念。另外,现在您知道从样本收集到测序和初始分析会发生什么。让我们去分析真实数据吗?

  • 第三周

    用抵抗器分析抗抗性:动手探索

    • 工具简介

      在抵抗组研究中,我们如何理解数百种抗性基因?在这里,您将被介绍给一个名为CosteroxPlorer的视觉分析工具,该工具将帮助您解释此类信息。

    • 抵抗组数据的预处理

      为了使结果更有意义和可比性,必须在分析抵抗组数据之前完成几个步骤。在本节中,我们将使用colustoxplorer介绍并指导您通过不同的预处理步骤。

    • 组成分析

      在本节中,您将学习如何使用CorsesoxPlorer中存在的不同方法可视化抵抗组数据的组成。您将进行动手练习,以可视化抵抗器中的真实抵抗力数据。

    • 比较和统计分析

      其组成中的抵抗样品有多相似?我们如何检测样品之间抵抗组组成的差异?在这里,您将学习和执行练习以识别簇并探索各种统计方法。

    • 集成和网络分析

      微生物组和抵抗组是否相关?一个微生物可以携带许多抗性基因吗?使用ExperoxPlorer,您将学习对微生物组和抵抗组数据进行综合分析,并探索这种复杂的网络。

    • 第3周摘要

      我们已经到达第3周结束时到达。让我们花一些时间回顾本周的亮点,并反思我们学到的东西。

    • 亲爱的未来,欢迎!!!

      在最后一节中,邀请您反思您在课程中学到的知识,以及可能改变了您的观点的经验。

您想何时开始?

立即开始并加入全球学习者教室。如果课程尚未开始,您将看到下面列出的未来日期。

  • 现在有空

在本课程中学习

在课程的每一步中,您都可以遇到其他学习者,分享您的想法并在评论中进行积极的讨论。

您将实现什么?

在课程结束时,您将能够...

  • 反思解决抗菌抗性危机的紧迫性
  • 展示有关为什么微生物群落和它们携带的抗生素耐药性基因与理解耐药性有关的知识
  • 讨论抗生素对微生物群落的脱靶影响的后果
  • 展示有关如何设计和进行抵抗组研究的知识
  • 将获得的知识应用于动手活动,该活动使用抵抗器进行抵抗数据的视觉,统计和功能分析

谁是课程?

本课程对于健康科学领域以及公共卫生专业人员的临床医生,基础研究专业的学生和科学家特别有用。如果您在生物信息学领域工作,您也可能会发现它很有吸引力,并特别感兴趣地加强多学科合作。

您需要哪些软件或工具?

您将被邀请使用OrsteroxPlorer的动手体验,这是奥斯陆大学开发的免费网络工具。该工具与Google Chrome,Mozilla Firefox,Safari和Microsoft Internet Explorer等主要现代浏览器一起使用。

您会和谁一起学?

我是挪威奥斯陆大学教授费尔南达·彼得森(Fernanda Petersen)。我的小组汇集了来自各个领域的科学家,以应对与感染和抗生素抗性有关的挑战。

我是奥斯陆大学的副教授,我的兴趣从了解微生物之间的分子相互作用到探索抵抗抗生素耐药性的策略。

我是一个攻读博士学位的生物信息学家在挪威奥斯陆大学。我的研究兴趣涉及分析和可视化大量OMIC数据,例如宏基因组学。

我是奥斯陆大学的博士后研究员加布里埃拉·萨尔瓦多里(Gabriela Salvadori)。
我的主要兴趣是对寻找新的抗生素耐药性基因的人类耐药组和最先进方法的研究。

谁开发了课程?

奥斯陆大学

奥斯陆大学(UIO)成立于1811年,是挪威排名最高的教育与研究机构。

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