理解基因组数据:COVID-19基于网络的生物信息学
发现如何使用基于web的工具分析SARS-CoV-2序列
在过去的十年中,测序技术变得更容易获得和测序数据呈指数增加。然而,生物信息学的能力仍是有限的。
在这三个星期的课程,您将学习生物信息学的基本概念和探索基于网络的工具用于病毒数据和测序分析。
开发你的理解生物信息学和SARS-CoV-2数据分析
虽然测试和测序能力有所改善,在低收入和中等收入国家(LMICs)生物信息学分析仍然是一个瓶颈在实现有效的病毒监测项目。
本课程将介绍SARS-CoV-2生物信息学管道。然后,您将学习如何使用网络工具星系的生物信息学分析,包括如何输入和处理数据,建立管道,使用现有的工作流。
探索的过程识别SARS-CoV-2变体在全球网络
使用COVID-19作为一个例子,你会介绍给基因流行病学通过全球网络数据共享的镜头。你会检查数据共享最佳实践在公共数据库。
然后,您将继续探索系统发生学,最好的工具来使用,为SARS-CoV-2开发的模型分析。系在一起,您将学习如何创建和共享公共健康报告。
从全球生物信息学的专家
本课程的教育工作者和开发人员是在生物信息学数据分析和专家SARS-CoV-2生物信息学在世界不同的地方。有了这个经验,团队唯一能够帮助您理解和基于web的SARS-CoV-2生物信息学得到加强。
教学大纲
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星期1
病毒基因组学概论
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欢迎来到这个课程
本课程介绍,并为最大化你的学习建议。
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介绍病毒测序
介绍病毒测序,确定病毒的遗传密码
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新一代测序的数据格式
介绍使用的数据格式处理基因测序
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介绍了基于网络的生物信息学
如何开始使用星系和其他网络工具
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第一周结束
你的学习进步的审查和评估
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星期2
探索可用的管道
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数据的质量
概述数据质量的影响
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数据准备
讨论质量控制和工具
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预测血统和变异
学习如何识别SARS-CoV-2变异和分类成血统
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系统发生学和流行病学
发现如何重建系统发育树和如何应用流行病学方法
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星期2月底
评估和反映你的学习进步
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星期3
COVID-19基因流行病学概论
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元数据和生物伦理学
学习什么是元数据和利用基因组学和临床数据的伦理问题
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在公共数据库中共享数据
了解更多关于数据共享和公共数据库
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使用和显示病毒基因组数据
见解的生成报告用于公共卫生的方法
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星期3月底
评估你在这门课中所学到的东西和发现下一个步骤
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你想什么时候开始?
马上开始,加入全球学习者的课堂。如果课程还没有开始你会看到未来的日期下面列出。
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现在有时间
学习这门课程
在过程的每一步你可以遇到其他学习者,分享你的想法和加入活跃在评论中讨论。
你能得到什么呢?
课程结束后,你将能够……
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描述SARS-CoV-2病毒基因组结构
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评估不同的序列分析输出
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应用一个基本分析基于网络的管道
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研究变量调用导致流行病学的推论
这门课程是为谁设置的?
本课程是专为诊断和医疗专业人员,研究人员和任何参与疾病的检测和分析样本。
它也将有助于研究人员专门从事基于网络的生物信息学,诊断,疾病或传染病。
你需要什么软件或工具?
没有正式的先决条件。的基本知识分析工具使用星系或UNIX系统将是有用的。
谁将你学习?
我是一个博士caniddate科学系生物医学科学项目,墨西哥。我工作识别遗传变异(少见,常见),容易罹患癌症。
我是一个博士生智慧大学和CSIR在南非。我目前研究人类肠道微生物组描述使用南非人口的生物信息学分析。
高级讲师计算微生物在悉尼ID(悉尼大学),隶属于大数据研究所(牛津大学)。
特蕾西Calvert-Joshua bioinformatician和南非国家生物信息学研究所的博士生。她曾在癌症基因组学、操纵子预测和非典CoV-2数据分析。
我在中央研究实验室,高级Bioinformatician金,班加罗尔
谁开发的课程?
威康连接科学
Wellcome连接科学发展和提供开放和会议集中在生物医学研究生课程。
COG-Train
COG-Train COVID-19基因组学是一个教育项目联合开发的英国(COG-UK)财团和威康连接科学(WCS)在SARS-CoV-2基因组学提供开放的学习。
包括什么?
威康连接科学提供每个人加入这个课程免费数字升级,这样你就可以免费在线体验学习的全部好处。这意味着你可以得到:
学习FutureLearn
你的学习,你的规则
- 课程分为几周,活动,和步骤来帮助你跟踪你的学习
- 通过混合学习的视频,长期和短小精悍的文章,音频,和实践活动
- 保持动力通过进步页面记录你的步骤完成和评估分数
加入一个全球教室
- 体验社会学习的力量,启发学习者的国际网络
- 分享想法与你的同行和教育者在过程的每一步
- 喜欢加入谈话通过阅读,@,书签和回复别人的评论
地图你的进步
- 当你通过工作时,使用通知和指导你的学习进度页面
- 只要你准备好了,每一步都标记为完成,你在控制
- 完成90%的课程和所有的评估步骤取得证书
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